Dưới thời Minh Trị Duy tân, chính phủ Nhật Bản chính thức sáp nhập những gì thuộc Vương quốc Lưu Cầu vào tỉnh Okinawa vào năm 1879. Quần đảo Senkaku, nằm ​​giữa Vương quốc Lưu Cầu và đế chế nhà Thanh, đã trở thành ranh giới giữa Trung Quốc và Nhật Bản ở thời điểm đó.

Năm 1885, thống đốc tỉnh Okinawa, Nhật Bản – Nishimura Sutezo đã đưa kiến nghị lên chính phủ Minh Trị, yêu cầu chính thức kiểm soát quần đảo.[4] Tuy nhiên, Bộ trưởng Ngoại giao Nhật Bản lúc bấy giờ là Inoue Kaoru nhận xét rằng những hòn đảo nằm gần khu vực biên giới với đế chế nhà Thanh và cho biết rằng quần đảo đã được đặt tên Trung Quốc. Ông cũng trích dẫn một bài báo trên một tờ báo Trung Quốc trước đó đã tuyên bố rằng Nhật Bản đang chiếm đóng hòn đảo ngoài khơi bờ biển của Trung Quốc. Inoue lo ngại rằng nếu Nhật Bản tiến hành dựng lên cột mốc chủ quyền trên quần đảo nó sẽ làm cho đế chế nhà Thanh nổi giận và chiến tranh có thể xảy ra.[4]

Ngày 14 tháng 1 năm 1895, trong cuộc chiến tranh Thanh-Nhật, Đế quốc Nhật Bản đã tiến hành sáp nhập quần đảo Senkaku vào lãnh thổ tỉnh Okinawa, và tuyên bố rằng họ đã tiến hành điều tra 1884, quần đảo thuộc dạng "đất vô chủ" và không có bằng chứng là quần đảo được kiểm soát bởi nhà Thanh.

Sau khi nhà Thanh thất bại trong cuộc chiến tranh Trung - Nhật lần thứ nhất, triều đình của Từ Hi Thái hậu buộc phải ký kết với Nhật Bản hiệp ước Shimonoseki trong tháng 4 năm 1895. Trong đó có điều ước rằng, nhà Thanh phải nhượng lại cho Nhật Bản đảo Đài Loan và các đảo, quần đảo lân cận và có liên quan.[5]

Tuy nhiên hiệp ước đã bị vô hiệu hóa sau khi Đế quốc Nhật Bản thất bại trong chiến tranh thế giới thứ hai vào 1945, và Nhật buộc phải ký với các nước Đồng Minh hiệp ước San Francisco năm 1951. Văn kiện này đã vô hiệu hóa các điều ước quốc tế của Nhật Bản được ký kết trước kia. Từ sau khi Nhật thất bại trong chiến tranh thế giới lần thứ hai việc tranh chấp quần đảo Senkaku bắt đầu được đưa lên bàn hội nghị và những cuộc khẩu chiến qua kênh ngoại giao diễn ra kịch liệt sau khi Hoa Kỳ chấm dứt việc chiếm đóng quần đảo Okinawa và Senkaku ngày 15 tháng 5 năm 1972.